Formation

2008

Doctorat Microbiologie

Université de Bretagne Occidentale, Brest, France

2003

DEA ASFEG

Approches structurales fonctionnelles et évolutives des génomes

Université Paris XI, Orsay, France

2002

Maîtrise de Biochimie

Option microbiologie

Université François Rabelais, Tours, France

2001

Licence de Biochimie

Option bioinformatique

Université François Rabelais, Tours, France

2000

DEUG Sciences de la Vie

Université François Rabelais, Tours, France

1998

Baccalauréat S

Option informatique

Lycée Claude de France, Romorantin, France

MOOC

2014

Data Analysis for Genomics

Massachusset Institut of Technologie, PH525X, via edx

Notes de cours - exams

Data Sciences

University of Washington, via Coursera

Notes de cours - exams

Statistique avec R

Université Paris-Sud, via France Université Numérique.

Notes de cours - exams
2013

Computing Molecular Evolution

Technical University of Denmark via coursera.

Bioinformatics Algorithms

University of California San Diego, via coursera.

Computing Science and processing

Université Paris-Sud, via France Université Numérique.

Expérience

Guidé par les interactions et transferts horizontaux, les communautés microbiennes et leur incroyable continuum d'intéractions nous plonge des tréfonds des abysses jusqu'à l'intérieur de notre corps.

Lorsqu'ils sont accessoires les gènes se promènent sur des navettes en forme de plasmides et autres virus. Ils peuvent être asservis durant la longue guerre/amour que ce livrent cellules et virus

Recherche

actuel 06.2016

Sequençage de 384 génomes de Brucella: Evolution, Génotypage et épidémiologie

Chercheur contractuel, projet sur fonds ANR ASTRID Maturation

UMR ISP Infectiologie et Santé Publique, INRA/Université François Rabelais - Tours - France.

Supervisors: M.Zygmunt & A. Cloeckaert

Synthèse wiki
06.2016 01.2014

Développeur Web & Bases de données

Auto-entrepreneur

02.2013 06.2010

Whole genome sequencing and exploration of genomic diversity of 63 Borrelia burgdorferi sl isolates

Chercheur contractuel, projet sur fonds européens FEDER

Epia, UR INRA Clermont-Ferrand - France.

Supervisors: G.Vourch & X. Bailly

Synthèse wiki
11.2008 10.2007

CRISPR detection in bacterial genomes

ATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, ESMISAB

LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France

Synthèse wiki
10.2007 11.2006

Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales

ATER Temps plein, UBO : Université de Bretagne Occidentale, Faculté des Sciences

LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France

Synthèse wiki
11.2006 10.2003

Abundance & genomic diversity of genetic elements of Thermococcales

Doctorant en Microbiologie, bourse région Bretagne

LM2E, UMR6197 IFREMER/UBO/CNRD Plouzané - France Supervisor: L.Segalat

Synthèse wiki
07.2003 01.2003

Transposition study of polymorphic Tc1 transposons in C. elegans

Stage de DEA, génomique

CGMC, UMR5534 - CNRS/Lyon1 Lyon- France. Supervisor: L.Segalat

Synthèse wiki
11.2002 12.2002

Inactivation of potentially mitochondrial based genes implyied in pathologies by RNAi in C. elegans

Stage de DEA, génomique

IGM, Université Paris XI - France. Supervisor: E.Culetto

Synthèse wiki
11.2006 10.2003

Comparative analysis of sequence similiraty versus structure deviation amongst protein families

Stage de Maitrise, bioinformatics

CEPR UMR1100, INSERM/Université François Rabelais - Tours - France. Supervisor: T. Moreau

Synthèse wiki

Publications


2016

A toxin antitoxin system promotes the maintenance of the IncA/C-mobilizable SGI1, Salmonella Genomic Island 1

HUGUET K., GONNET M., DOUBLET B., CLOECKAERT A.

Scientific Report, in press

2014

Comparative population genomics of the Borrelia burgdorferi species complex reveals high degree of genetic isolation among species and underscores benefits and constraints to studying intra-specific epidemiological processes

JACQUOT M., GONNET M., FERQUEL E., ABRIAL D., GASQUI P. SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Plos One, 9(4):e94384, doi:10.1371

2013

Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new Thermococcus plasmids

KUPROVIC M., GONNET M., HANIA WB., FORTERRE P., ERAUSO G.

PLoS One, 8(1):e49044, doi: 10.371

2011

pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of Thermococcus kodakaraensis genome

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

Research in microbiology, 162(2):132-43 Elsevier Ed, doi:10.1016

2009

CRISPRI: a CRISPR interactive database

ROUSSEAU C., GONNET M., LE ROMANCER M., NICOLAS J.

Bioinformatics, vol 25 n°24, p. 3317-3318, Oxford University Press, DOI:10.1093

2005

Deep Sea Thermococcales and their genetic elements: plasmids and viruses.

PRIEUR D., ERAUSO G., FLAMENT D., GAILLARD M., GESLIN C., GONNET M., LE ROMANCER M., FORTERRE P.

Methods in Microbiology, vol 35, Elsevier Ed, doi:10.1016



Communications


2016

15th Medical Biodefense conference

A novel Brucella species isolated from a dof in Costa Rica

ZYGMUNT MS., GONNET M., SCHOLZ HC., VERGNAUD G., CLOECKAERT A.

Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016

FéRi, Fédération de recherche en infectiologie 2016

Caractérisation de coliphages et potentiel thérapeutique

VIARDOT A., TROTEREAU A., MOREAU S., GONNET M., DREZEN JM., SCHOULER C.

Bundeswehr Medical Academy, Munich, Germany, 26-29 april 2016

2013

8ème Rencontres du REID Réseau Ecologie et Interactions Durables

Population genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates

GONNET M., PYTHON M., FERQUEL E., CLAUDE A.,GASQUI P., ABRIAL D., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Sciences Agro, Bordeaux, France, 4-6 february 2013

2011

XIth Animal Health days

Population genomics of Borrelia burgdorferi sensu lato isolates

GONNET M., ABRIAL D., FERQUEL E., GASQUI P., SERTOUR N., DE GOER J., VOURC’H G., BAILLY X.

Azureva, Fréjus, France, 22-25 may 2011

2008

Genomics and Ecology of Aquatic Viruses

Exploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

REX Marine Genomics, Banyuls-sur-mer, France, 11-13 february 2008

Genomics and Ecology of Aquatic Viruses

Diversity of mobile genetic elements of hyperthermophilic Archaea

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

Institute of Biology, Bucarest, Romania, 18-19 september 2008

2007

Jacques Monod Conferences - Genomics

Exploring the diversity of mobile genetic elements of deep-sea Thermococcales

GONNET M., ERAUSO G., PRIEUR D., LE ROMANCER M.

Station biologique, Roscoff, France, 9-13 june 2007

2006

International Marine Genomics conference

Unexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families?

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

REX Marine Genomics, Sorrento, Italie, 28 oct - 1 nov 2006

Plasmid biology

Unexpected abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families?

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

International Society of Plasmid Biology, Stanford Camp, Californie, 23-27 sept 2006

6th International Congress on Extremophiles

Abundance and diversity of plasmids in deep-sea hyperthermophiles: a reservoir for novel gene families?

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

International Society of Extremophiles, Brest, France, 17-21 sept 2006

11th International Symposium on Microbial Ecology

Comparative genomic of plasmids from Thermoccocales

GONNET M, ERAUSO G., LE ROMANCER M., PRIEUR D.

International Society of Microbial Ecology, Vienne, Autriche, 20-25 august 2006

2005

Thermophiles 2005

Comparative genomic of plasmids of Thermococcales

GONNET M., TOFFIN A., LE ROMANCER M., PRIEUR D., ERAUSO G.

Griffith University, Gold Coast, Australie, 18-22 september 2005

2004

2ème Colloque d'Ecologie Microbienne

Génomique comparée de quatre plasmides de Thermococcales.

GONNET M., ERAUSO G., LE ROMANCER M., CHEVEREAU M., PRIEUR D.

Sociéte Française de Microbiologie, Obernai, France, 9-12 may 2005

Compétences

La biologie, de part la connaissance des génomes, est en pleine mutation, basculer de l'in situ à l'in silico, du terrain aux calulateurs en pasant par la pipette constitue un enjeu pour le chercheur du XXIème sciècle.

La société entre dans la troisième révolution industrielle, celle des technologies de l'information. La production de séquences était un facteur limitant, il est en train de basculer vers notre capacité à les traiter. Parmi ces données, l'impact de celles liées aux génomes apporte un nouvel éclairage sur le Vivant tout en posant de nouveaux débats éthiques auxquels la société doit se confronter.

Enseignements


2007-2008

Associate professor - ESIAB Ecole Supérieure d'ingénieurs en Agroalimentaire

160hDatabases
32hStatistics
2006-2007

Associate professor - Université de Bretagne Occidentale

60hMolecular biology
30hCellular biology
24hBioinformatics - Site dedié
46hMicrobiology
16hMolecular biology
6hTutored projects
2005-2006

Part-time lecturer - Université de Bretagne Occidentale

6hBioinformatics
12hMicrobiology
12hMolecular biology

A propos

Microbiologiste étudiant les génomes au moyen d'ordinateurs.

Du terrain au calculateur, en passant par la pipette.

Contact

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